Les mycotoxines sont à la fois dangereuses, envahissantes et perverses. Les effets cancérigènes de nombre d'entre elles sont avérés. Mais les impacts nocifs de certaines variétés peuvent aussi avoir des conséquences cytotoxiques (destruction de cellules), tératogènes (déclenchement de malformations héréditaires) ou encore immunitaires.
Formant différentes familles, les mycotoxines peuvent être présentes dans une gamme étendue de produits alimentaires, qu'ils soient destinés à l'alimentation humaine ou animale. Les céréales sont leurs premières cibles, d’autant plus vulnérables qu’elles sont souvent stockées en très grandes quantités, mais on peut également en trouver dans les fruits et les légumes.. Selon certaines études, 25% de la production agricole mondiale pourrait être contaminée, dans des proportions évidemment très variables. On ne pourra jamais s’affranchir totalement du problème posé par les mycotoxines car cela reviendrait à éliminer des milliers de tonnes de produits agricoles des circuits de transformation et de distribution.
Leur dangerosité est d'autant plus inquiétante qu'elles agissent parfois à des concentrations très faibles, selon le professeur Naresh Magan, de l’Université de Cranfield, "Celles-ci sont sans commune mesure avec la toxicité classique et avérée de l'usage alimentaire de certains solvants industriels, comme par exemple le tétrachlorure de carbone [...] on sait ainsi que ce produit induit des tumeurs chez 50% des rats exposés à une dose de 0,2 gramme par kilo et par jour. En comparaison, une mycotoxine bien connue, comme l’aflatoxine B1, est 3 millions de fois plus puissante que ce solvant dangereux. Son seuil est de 0,000001 gramme par kilo et par jour".
Ces contaminants génotoxiques et cancérogènes affectent l'Homme et l'animal, que ce soit par inhalation ou par contact cutané. D'ailleurs des effets hépatotoxiques, neurotoxiques, mutagènes, tératogènes (malformations), cancérigènes et immunosuppresseurs (altération du système immunitaire) ont été prouvés expérimentalement chez l'animal.
Chaque mycotoxine possède son propre effet nocif tant sur la santé animale que sur la santé humaine.